I nogle handelsaftaler, er der indsat en bestemmelse om regnskabsmæssig adskillelse af materialer med og uden oprindelse. Bestemmelsen findes bl.a. i disse aftaler:
GSP aftalen - DF artikel 58.
PEM aftalerne - se f.eks. oprindelsesprotokollen (protokol nr. 6) med Algeriet artikel 21 på dette Link
I nogle FTA aftaler, f.eks. Korea i oprindelsesprotokollen artikel 11(protokol om definitionen af produkter med oprindelsesstatus og metoder for administrativt samarbejde) som kan findes på dette Link, samt FTA aftalen med Mexico som kan findes på dette Link
Reglen er forskelligt udformet, alt afhængig af, hvilken handelsaftale der er tale om. Toldmyndighederne kan give tilladelse til, efter skriftlig anmodning fra eksportøren, at denne kan anvende regnskabsmæssig adskille af materialer med og uden oprindelse, hvis der er betydelige omkostninger eller materielle vanskeligheder forbundet med at opretholde særskilte lagre af materialer med og uden oprindelse, som er identiske og indbyrdes ombyttelige.
Det skal kunne sikres, at antallet af fremstillede produkter, som kan anses som produkter med oprindelse, i en given periode er det samme som det antal, der ville være fremstillet, hvis der var opretholdt en fysisk adskillelse af lagrene.
Hvis toldmyndighederne giver denne tilladelse, anvendes metoden, og anvendelsen af den registreres i overensstemmelse med de almindeligt anerkendte regnskabsprincipper, der gælder for det land, hvor produktet blev fremstillet.
Der skal ikke foretages fornyet vurdering af bevillinger til forvaltning af materialer ved regnskabsmæssig adskillelse, som allerede er i kraft den 1. maj 2016. Se DF artikel 250. Disse bevillinger forbliver gyldige, indtil de tilbagekaldes af de toldmyndigheder, som har udstedt dem. Se DF artikel 251.